El Colegio Notre Dame fue fundado en 1952 por el sacerdote belga Roberto Polain Cartier con todo el bagaje educativo experimentado en la escuela Prince Baudouin, ubicada en las cercanías de “Marchin”, en Bélgica, durante la Segunda Guerra Mundial y sus años posteriores. En el año 1949 llega a Chile como capellán de un grupo de colonos belgas que se instalan en Chile Chico. Posteriormente se traslada a Santiago y comienza a trabajar en el Instituto de Humanidades Luis Campino. Estando aquí se da la oportunidad de concretar su sueño de fundar un colegio. Su anhelo se cruza con el proyecto que tenía el sacerdote don Joaquín Aguiar, párroco de la iglesia Nuestra Señora de la Anunciación, de generar un colegio parroquial. Conseguido el acuerdo emprende la búsqueda de un lugar y lo encuentra en la avenida Pedro de Valdivia, en una casona que tenía aspecto de pequeño castillo.
Durante los primeros años, el colegio dependió de esta parroquia y se mantuvo mediante la subvención ministerial y una rifa de carácter nacional organizada por el Consejo Parroquial. En 1953 se crea la primera patrulla scout del colegio. Así se comienza a realizar un proyecto basado en un sistema scout.
En 1977 el Padre Polain escribe su libro “Educar para la Libertad”, donde deja plasmado el ideario educativo de nuestra institución y los principios pedagógicos que han guiado nuestro quehacer durante todos estos años de historia.
El 12 de septiembre de 1978 el Padre Roberto Polain muere en el mismo Colegio de un infarto al corazón. A la muerte del fundador, el entonces Cardenal Raúl Silva Henríquez, arzobispo de Santiago, designa en el cargo de rector al profesor Héctor Hernández Nanjarí, quien hasta ese momento se desempeñaba como vicerrector, hasta el año 1982, en que asume la rectoría el Padre Julio Dutilh Ross. El año 1985 retorna al colegio en calidad de pro rector el exprofesor y jefe scout, Germán Aburto Spitzer y al año siguiente asume como Rector. Once años dura su rectoría, siendo reemplazado por el padre Miguel Ortega Riquelme, el año 1997.
En el año 2003 asume la rectoría, el profesor de Historia y exalumno Juan Ignacio Canales de la Jara, quien asume el Colegio con muchas dificultades económicas y con una baja importante en la cantidad de alumnos postulantes. Por ello, después de una larga reflexión y un profundo debate, en 2008 se genera una especie de “refundación” del Colegio Notre Dame, con varios cambios de mucho significado. El Colegio deja el “Castillo”, la antigua casona de Pedro de Valdivia, que tan significativa fue para todos sus exalumnos y tanta magia aportó en dichas experiencias escolares y asume con mucha esperanza una nueva aventura educativa en la comuna de Peñalolén, con un edificio nuevo e importantes mejoras en la infraestructura en relación con el Castillo. Por otra parte, se amplía a dos cursos por nivel (hasta ahí era sólo un curso por nivel), se reducen los máximos de alumnos por curso y el Colegio pasa de ser un establecimiento para varones a uno mixto. Finalmente, y lo más importante, se declara el Proyecto de Inclusión, algo que estuvo siempre de manera intuitiva en el quehacer educativo del Colegio y en los principios educativos del Padre Polain, pero que ahora se asumía formalmente y buscando dotar a la institución de definiciones claras y buenas herramientas para asumir este desafío.
En marzo de 2013 comienza la rectoría de Martín Valenzuela Durán, quien se desempeñaba como Coordinador de Ciclo en los Sagrados Corazones de Manquehue. En 2013 ya no queda ningún curso de hombres y son todos mixtos, y en 2016 todos los niveles (exceptuando Nivel Inicial) tienen dos cursos, A y B, con el máximo de alumnos en toda su historia, sobre 700 alumnos.En enero de 2019 asume como Rector del Colegio Carlos Ossa Illanes, profesor de la Universidad de Chile, Magister de la Universidad de Londres y Doctor en la Universidad de Toronto, exalumno y ex apoderado del Notre Dame, fue jefe scout en la Tropa de Bois.
